Le site d'Avignon, siège social de Naturex, regroupe à la fois des capacités d'extraction significatives, et des outils de séchage et de formulation modernes et flexibles : tour d'atomisation, homogénéisateurs, lit fluidisé, mélangeurs liquides et poudres... Il emploi, à l'heure ectuelle, 150 personnes. C'est le site le plus polyvalent de Naturex

Les infrastructures locales permettent de répondre au mieux aux besoins logistiques :
port et aéroport de Marseille, croisement autoroutier important... Les laboratoires centraux de contrôle qualité et le laboratoire d’applications alimentaires sont aussi sur ce site.

L'implantation de Naturex, à Casablanca au Maroc, est avant tout  stratégique en raison de la disponibilité locale des matières premières telles que le romarin et d'autres herbes méditerranéennes.Cette situation permet l'accès à toutes les infrastructures logistiques : port et aéroport internationaux.

Aujourd'hui Naturex s'appuie sur 2 sites aux Etats-Unis : New Jersey et Californie.
Le siège américain se situe désormais dans le New Jersey suite à l’acquisition de Pure World. Ce site s’étend sur 14.000 m² et dispose de capacités de production importantes (25 tonnes/jour de plantes extraites et 48 tonnes/jour de poudres atomisées) et d’équipements spécifiques permettant l’obtention de poudres granulées (compaction à sec ou extrusion humide) d’une densité et d’une taille de particules optimisées.
 Le site industriel italien basé à Milan suit les bonnes pratiques de fabrication (BPF) et dispose d’une homologation décernée par le Ministère de la Santé italien lui autorisant la production de produits pharmaceutiques.

L’usine qui s’étend sur 25000 mètres carrés dispose d’une capacité d'extraction supérieure à 3500 tonnes de matières premières par an