Le Grand Avignon compte huit commissions thématiques permanentes composées de conseillers communautaires.
Chacune est organisée autour d’une thématique définie. Elles ont un rôle consultatif. A ce titre, elles émettent des avis sur les différents projets de délibération relevant de leurs compétences. Les commissions constituent un lieu de réflexion, de débat et de proposition.
Chacune est présidée par un vice-président du Grand Avignon et compte deux représentants par commune. La présidente de la communauté d’agglomération, pour sa part, est membre de droit de toutes les commissions.

Juridiquement, le président est seul chargé de l'administration générale. Cependant, il peut déléguer l'exercice d'une partie de ses fonctions. Les bénéficiaires des délégations sont d'une manière générale les vice-présidents. Toutefois, en cas d'empêchement de ces derniers ou lorsque ces derniers sont tous titulaires d'une délégation de pouvoir, d'autres élus communautaires membres du bureau peuvent bénéficier d'une délégation.