164 litres d'eau par jour, c'est ce qu'un habitant du Grand Avignon rejette en moyenne. Ces eaux usées son acheminés par le réseau d'assainissement qui s'étale sur une longueur de 800 km vers les 7 stations d'épuration de l'agglmération.Les services du Grand Avignon ont établi un schéma directeur d'assainissement , après avoir réalisé un état des lieux du réseau et du fonctionnement des stations d'épuration.

D'une manière générale, la qualité de l'eau en France et en Europe se dégrade, en raison de l'urbanisation, des rejets de produits chimiques venant des industries, de l'utilisation d'engrais et de pesticide... le Grand Avignon se doit de répondre aux besoins en eau de la population croissante ainsi qu'à la législation toujours plus stricte, notamment la directive-cadre sur l'eau 2000,  qui engage les pays européens dans une politique unique, dont l'objectif est d'atteindre d'ici 2015 le bon état écoloqigue des masses d'eau souterraines et superficielles. Le Grand Avignon a ainsi entrepris la mise en conformité des stations d'épuration en fonction sur son territoire.

• Le chantier d’extension et de modernisation de la station d’épuration, situé le long de la Rocade menant à la gare TGV , en Courtine, illustre parfaitement l’intérêt communautaire. Les installations seront conçues pour réduire au maximum les nuisances visuelles, olfactives et sonores. La mise en service est prévue en 2010.
• La station d'épuration de Morières-lès-Avignon dont les équipements datent de 1974, va être mise aux normes pour doubler sa capacité d'ici 2012;
• Cinq bassins sont crées à la station de Jonquerettes, afin traiter les boues grâce à un système de filtres plantés de roseaux...